2004 年，Rob Knight 在科罗拉多大学开设了他的第一个实验室。 不久后，他的一位研究生 Catherine Lozupone 找到他，表示想要改变研究方向。 当时，Knight 的实验室研究的是细菌的 III 型分泌系统（TypeIII secretion system），这是一类革兰氏阴性菌用来发现并感染真核生物的系统。